申请同一个department的不同program要交两次申请费吗？

本科学的电子信息工程，研究生想往偏硬件方向的申，所以基本上申的都是各学校ECE Department。但有些学校EE和CE是两个不同的program，不知道可不可以都申啊，还有如果都申申请费是交一份还是两份呢？
PS：听说USC可以一份钱申两个项目的，只要提交一个后另外一个账号匹配一下就成，不知道是不是所有用apply yourself 系统的都这样？