小白问一个关于同时申phd和ms的问题

想申phd，有的教授的个人主页里写的是：“如果想申我的phd，先通过ms的申请后再来找我”，但是都通过ms了，难道还可以把通过的申请改成phd的吗？还是说，通过ms之后教授再同意之后，另发一份申请？
另外我看见有的人说：“很多学生都是申请研究生和博士一起的”。这是什么意思，是同一个学校寄两份申请吗？还是另外的什么操作。
求大神解释