国内在职工程硕士该如何申请？

2001年华理本科CS毕业
2011年复旦在职SE工程硕士

现在想申请CS或者ECE的Master，但是去信询问的时候被告知已有Master Degree不能再申请类似专业的Master了。
请问有没有人遇到过这种情况，国内的在职Master Degree美国承认么？是不是只能申请PhD了？
或者能否以本科的学历去申请呢？

谢谢