求问一般情况一个学校申请CS/ECE两个学院会影响录取吗？

学校把CS和ECE分成了两个学院，两个学院因为研究方向很多重叠所以两个学院都有感兴趣的老师，发邮件问了小秘也说可以同时申很多program，那么我两个学院都申会影响录取结果么？（比如CS看到我还申了ECE，不专一神马的...）

求各位看法~~谢谢~~

补充内容 (2015-11-3 19:27):
话说申两个program需要寄两份材料么o.o

补充内容 (2015-11-3 19:28):
还有，如果我注册两个网申ID，分别申两个学院会怎么样呀o.o