美本EE大三 拟混申 求大神们帮忙定位

补充说明:1、入学时强项数理化AP课换20学分，省了钱但导致整个GPA被拉低，专业课GPA3.6以上。2、2015年秋季进本校EE强电实验室协助课题组做相关软件的开发和优化，已取得阶段性成果。目前在进行更深入的研究，肯定能成功，水平不低，但申请前未必能完成而且和申请方向基本无关。3、实验室boss是业内大牛（全球top10以内），不出意外可以拿到推荐信，争取能强推吧。4、现在学的是嵌入式系统。5、没有实习经历。
问题如下：1、如果硕士毕业后就业，准备彻底转到CS，该如何定位（冲击、主申、保底）？
2、本人对硬件和软件相结合的方向更有兴趣，有哪些方向？硕士申请如何定位（冲击、主申、保底）？

3、软硬结合的方向若能直接申请博士，又当如何定位（冲击、主申、保底）？
诚心求解，恳请地理的大神们赐教！！！

补充内容 (2016-5-21 01:13):
辅修了应用数学。

补充内容 (2016-5-21 19:05):
实验室的科研是在课题组里，如果发论文可以挂名二或三作