申请EEPhD，硕士和本科GPA同样重要吗？

准备申2017fallPhD，本科GPA3.9/4，但是硕士GPA比较低，而且硕士上课学校（国防科大）的成绩计算是A-E分制，目前还没搞懂怎么算的，大概是3.5/4或更低
求问各位大神：
1）在申PhD时，本科成绩和硕士成绩同样重要吗？会有区别吗？
2）有没有国防科大的具有出国经验的同学可以告知GPA的计算方法吗？