国内本科海外研究生申EE PhD求定位

Lz本科ZJU，总GPA接近89(后两年91)，排名大概是专业top4-5%左右。本科时候拿过国奖和学校的一奖，二奖。研究生在美国西岸某top20公立学校。因为上的课不多而且比较水，所以研究生GPA有4.0(不知能否弥补一下本科GPA).

Lz科研水平不算特别突出，但很想读博。本科主要做电子器件建模仿真，主要是自己写一个simulator做仿真(感觉有点偏CAD)。最后在IEEE TED上有一篇一作发表，一篇三作正在审稿中。IEEE的某国内水会上有一篇一作。毕业论文做的是生物成像的图像重建算法,最后论文成绩还不错。
研究生的话，目前thesis跟着导师A在做3D integration。前期涉及到器件的仿真，后面会进clean room做一些fabrication和test. 这个项目目前没有论文发表，预计在申请前能够把thesis写好, 不知道thesis在申请中作用如何。
另外两个项目，跟着导师B做的和EUV光刻有关的，目前进展比较慢，暑假会加快进度，希望能有一篇会议论文吧。还有一个是做二维材料的光谱，自己搭了两套实验装置，有一些初步的结果，应该能有一篇挂名论文。

推荐信的话，导师A(IEEE fellow)以前在工业界工作，据学长说算是牛人了，应该可以拿到他的推荐信。另外本科导师(IEEE fellow)能提供强推。
比较头疼的是第三封推荐信人选。目前有两个选择，一是导师A的朋友，美国工程院院士，感觉人比较nice。Lz上过他的课拿了A+, 课上有一个不水的project，所以推荐信里还是能说几句的。但是听说do well in class的推荐信作用不大。另一个项目的导师B，印度人，感觉人比较实在。目前项目进展不太好，担心拿不到好的推荐信。

关于PhD想做的方向:
1)electronic packaging/3D integration 这个和我thesis做的比较相关。但很遗憾，这方面主要是工业界在做，学术界做的人比较少，而且部分是在ME。
2) electronic device and 3)CAD 这个两个方向主要是和Lz本科研究比较match, 而且感觉会有更多机会写代码(Lz并不排斥转码)。在device上对一些智能硬件很感兴趣，本科研究沾一点边。

这些方向里面，本校导师A很不错，但是Lz很想换一个城市读PhD。其他比较match的组在MIT, stanford, UCB, Umich, Gatech, UIUC, ASU. 感觉MIT, 大S和UCB机会不大，因为本科GPA不高，科研也不是很突出。但不知道Gatech, Umich, UIUC有没有机会。
另外，因为Lz也有毕业之后进工业界(收入高一些), 所以也在考虑不读phD,再读一个CS的M.S当码农。但是Lz只会一点C, Java和Matlab, 这样的情况申CS M.S结果是不是会很惨？想听听大家的意见

写了这么多字，就是想提供足够的信息让各位大神帮我看看： 1)推荐信的人选 2)选校上还有没有什么建议。 3)也欢迎大家提出其他任何方面的建议, Lz感激不尽。