申请美国PHD，美国MS的thesis毕业和project毕业，区别有多大呢？

我目前美国一所EE专排80多，综排90多的学校念MS，专业是EE 。 计划申请EE的PHD，我们学校MS毕业有两种选择，一种是thesis option:24学分的课加6学分的thesis，另一种是project option:27学分的课加3学分的project. 都有导师带。
本来既然是申PHD了，照理说应该选thesis。 但是热门的方向比较符合的导师不太愿意带我做thesis，说thesis难，冷门的导师选thesis的话，方向不太对，而且不知道容不容易毕业。
请教地理有经验的大大，如果我申请的phd目标是类似于水牛或者utd，或者专排60，70来名，综排100多名这样学校的自费PHD，thesis option和project option申请的时候区别大不大