找公司上司写推荐信好不好？有什么要求吗？

正在申请2016Fall的MS,三封推荐信其中两封找了在HK读本科时候的prof,最后一封想找现在工作地方的领导，有几个问题不太清楚想征求一下大家的意见。
1.找上司好不好？我工作的地方属于研究院，老板本身是中科大博士出身，但是当领导这么多年已经不自己动手了都是项目挂名（虽然说院里三四个博士后每个发论文都要挂他的三作四作这样），然后因为是企业下的研究机构做的项目也都是偏应用的所以不算什么有国际声誉的大研究室。这种情况下他的推荐信有作用吗？我主要考虑是这个工作经历算是我简历里最大亮点，目前做的东西和PS里写明的研究方向也比较一致，他的推荐可以突出research的能力。
2.如果可以找他写的话有什么要注意的格式吗？老板惯用的是163邮箱似乎不是很正式，这种情况下是不是应该找有公司抬头的纸写？还有电子签名需要吗？要的话博士毕业的是不是要在名字旁边注明phD？
比较啰嗦...先谢谢每一个回复的人~