清华弱GPA申牛校PH.D.和Master哪个更难？

清华精仪，总GPA3.32，为了不留遗憾想申些顶尖名校，MIT，UCB之类，本想申master，但是会不会硕士反而更看重GPA？.........科研的话有3段还算solid的实验室经历，但无paper，推荐信一封来自西北一封来自华盛顿西雅图。