感兴趣的实验室在CE, 申CE还是EE？

申请MS。
CE和EE是一个department下的项目。

本科是通信工程，computer architecture 算法什么都没学过，
ASIC, FPGA, embedded system, android({:4_92:})倒是学过，分数也不错。

本来打算申EE，但PS里面想提到感兴趣的实验室，是在CE系的。。。那这样的情况是申EE还是CE？

如果申EE，PS提到的兴趣却是CE的research，会不会有副作用？