加本，挂科重修，成绩单上两个成绩，申美研怎么看

大一的时候挂了一个选修课，大二的时候重修拿了A，但我们学校retake一门课，重修前重修后的成绩都会显示在成绩单上，想申请美研，Columibia, NYU，JHU之类的。
想问问申请的时候成绩怎么看，取最高分，还是两个都看，感觉看挂科的成绩有点太吃亏了，毕竟还是很明显的拖了后腿。
如果看最高分的话，我可以把之前一些分不高的课也都重新刷了吗，想提高gpa。