美国签证和日本过境签证

因为最近机票买好了，要办日本过境签，但是美国签证还没办，目测会被check，check了是会收走护照的吧？那就办不了日本过境签了？求解答！我的飞机日期是8月初，是不是过境签可以不着急办，等check结束再办？但又怕被check的时间太长了。。。 多谢~~~